La craneoacupuntura es uno de los denominados microsistemas de la acupuntura (otros microsistemas son: la acupuntura de mano o quiroacupuntura, acupuntura del pie o podoacupuntura, acupuntura del abdomen, acupuntura del alrededor del ojo, etc.) Este sistema consiste en colocar agujas en el ciertas zonas o puntos de cuero cabelludo. Estas zonas o puntos se ubican tomando como referencia algunas funciones de ciertas partes del sistema nervioso central en especial de la corteza cerebral, así la zona más cercana del cuero cabelludo a la zona motora se usa en el tratamiento de afecciones motoras, la zona sensitiva se encuentra sobre la región de la corteza cerebral que tiene la función de manejar la sensibilidad, etc.

Esta terapia ha resultado muy útil en el tratamiento de afecciones del sistema nervioso y es una procedimiento invaluable para el tratamiento de secuelas de evento cerebrovascular como la embolia o el infarto cerebral. También es uno de los principales recursos que tiene el acupunturista para el manejo de parálisis cerebral infantil, algunos tipos de cefalea, vértigo, etc. responde de una manera importante al tratamiento con craneoacupuntura. También se puede usar en combinación con acupuntura corporal, auriculoacupuntura u otros microsistemas o procedimientos de la acupuntura.